Parallèlement à l’aumônerie dans les paroisses, les Eglises nationales ont créé un service d’aumônerie spécialisée. L’aumônerie spécialisée travaille en réseau ou en coopération œcuméniques. Son activité est basée sur les besoins particuliers des personnes auxquelles elle s’adresse, et elle tente de sensibiliser le public à ses objectifs.
A côté de cela, les Eglises s’engagent dans les réseaux régionaux et cantonaux de soins palliatifs pour apporter un soutien aux personnes gravement malades et à leurs proches, en collaboration avec d’autres professionnels du secteur de la santé et du domaine social.
Cinquante aumônières et aumôniers accompagnent les patientes et les patients et leurs proches ainsi que les collaboratrices et collaborateurs de trente hôpitaux et cliniques du canton de Berne.
Neuf aumônières et aumôniers accompagnent les personnes détenues dans les douze prisons et établissements pénitentiaires du canton de Berne.
Trois aumônières et aumôniers soutiennent 150 requérantes et requérants d’asile dans le centre de premier accueil de l’hôpital Ziegler à Berne.
En collaboration avec beaucoup d’autres groupes professionnels, des aumônières et aumôniers et des paroisses s'engagent pour répondre aux besoins de personnes en fin de vie et de leurs proches.
La Care Team du canton de Berne propose une première aide après un événement traumatisant.
Des ecclésiastiques des Eglises évangéliques réformées, catholique romaine et catholique chrétienne de Suisse, sur mandat des Eglises nationales, s’engagent comme aumônières et aumôniers de l’armée.